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2024
04/10 新年度
もう4月の1/3が終わっていました。育休を言い訳に目を背けていた諸々を、今になって直視するのが辛いです。
03/08 論文受理
ゼブラフィッシュ環境DNAと環境RNAの粒径サイズ分布を比較した研究が、The Science of Nature誌に受理されました。こういう地味な研究が一番性に合うのですが、それだけだとなかなか載せてくれるジャーナルが見つからないので、難しいところです (APCを払えば何とでもなるんだろうが、そこはまだ踏ん張りたい)。
03/06 論文受理
核およびミトコンドリア遺伝子マーカーを用いて、アユ環境DNAと環境RNAの定量性を比較した研究が、Environmental Monitoring and Assessment誌に受理されました。滋賀県水産試験場とのコラボが昨年度からスタートし、ようやく実を結び始めました。第2弾、第3弾と続けるように頑張ります。
01/01 Hello 2024
明けましておめでとうございます。今年も家事に育児に邁進します。
2023
12/21 セミナー
神戸大で最近の環境RNAに関する研究進捗についてセミナーをしました。
拙い発表でしたが、熱心に聞いて下さり質問もたくさん頂いて、研究室の後輩たちはとても逞しいです。
12/08 論文受理
西日本広域でのオオサンショウウオの分布モニタリングをミトコンドリアおよび核DNAマーカーを用いて行った研究が、Limnology誌に受理されました。出身研究室の先輩の修士論文を再解析し、まとめ直しました。
今年も終わりが見えてきました、どうもありがとうございました。
11/08 論文受理
環境RNA技術におけるRNA抽出以降のステップ (ゲノムDNA除去・逆転写) の検討などを行った研究が、Functional & Integrative Genomics誌に受理されました。先に出版された環境RNAの回収・保存・抽出に関する研究 (https://link.springer.com/article/10.1007/s44211-023-00382-w#citeas) と併せて、自分なりに手法の見直しと再評価を一通り行いました。
10/09 論文受理
環境DNA濃度と水生植物のアバンダンスの相関性をメタ解析によって評価した研究が、Hydrobiologia誌に受理されました。最近は子育てでほぼ在宅なのですが、できることを少しずつ進めていければと思います。
08/22 論文受理
環境DNAの段階的な分解に対する諸要因の影響を調べた研究が、Journal of Experimental Marine Biology and Ecology誌に受理されました。環境DNAの段階的な分解は昔から興味を持ち続けているテーマで、もうちょっと何とかクリアにならないかなと日々考えています。
06/19 論文受理
各地点で繰り返し得られた測定値の扱いが環境DNA濃度と生物量の相関性に与える影響を数値シミュレーションから推測した研究が、Environmental Monitoring and Assessment誌に受理されました。もうちょっと試したいことが出てきたので、もっとちゃんとプログラミングをやらないといけないぽいです。
06/06 論文受理
環境RNAのフィルターろ過、保存、抽出方法の検討を行った研究が、Analytical Sciences誌に受理されました。環境RNAの扱いやすさが格段に増すはずなので、早々に公表できて良かったです。環境RNA論文、まだまだ続きます。
05/19 環境DNA学会国際大会 ＠滋賀
久しぶりのオンサイトでのポスター発表をしましたが、こんなにも精魂疲れ果てるだなんて。
05/10 論文受理
環境DNAの放出後時間を、その存在状態や環境RNA分析との組み合わせから推測するための方法論を提案した研究が、Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences誌に受理されました。Review paperの体ですが、PerspectivesでもありIdea paperでもあり、自分でも何と括っていいかよく分からない論文になりました。でも面白いと思います。
04/04 新年度
遅くなりましたが新年度が始まっています。研究協力ですが、環境推進費の若手枠に採択されました。貢献できるように頑張りたいと思います。
01/01 Hello 2023
明けましておめでとうございます。まだまだ大変な世の中ですね、生き延びましょう。
2022
12/08 論文受理
環境DNAサンプル中のDNA損傷度の推定を試みた研究が、Environmental DNA誌に受理されました。環境DNAの「分解速度」とは異なる「損傷度」という概念を用いた、環境DNA技術の新たな可能性に期待しています。
11/20 一般公開シンポジウム「野生生物モニタリングの現在・未来」
現地 (札幌) 参加しました。会いたかった人にたまたま会えました、良かったです。
11/19 環境DNA学会オンラインワークショップ
ポスター発表と、実行委員としてプログラム集・要旨集の作製を担当しました。久しぶりに色んな人と議論できて、良い刺激になりました。つい人と会うのが億劫になってしまう自分ですが、やっぱりコミュニケーションしないといけないよなと痛感します。
09/22 論文受理
環境DNA濃度と生物量の相関性が高水温下で強まることをシミュレーションとメタ解析からそれぞれ示した研究が、Hydrobiologia誌に受理されました。また一つ、自分の中の引き出しが増えた気がします。
08/03 論文受理
環境DNA濃度と生物量の相関性をサイズ画分やDNA断片長間で比較した研究が、Ecology and Evolution誌に受理されました。こちらも投稿してから査読が完了するまでなかなか時間がかかりましたが、何とか出版できて良かったです。
07/19 プレスリリース
最近オンライン公開された2本の論文について、プレスリリースを出させて頂きました。日本語で分かりやすく内容の解説もしていますので、興味ありましたらご一読下さい。ついでに引用もお願いします。
Jo, T., Tsuri, K., Hirohara, T., & Yamanaka, H. (Early view). Warm temperature and alkaline conditions accelerate environmental RNA degradation. Environmental DNA. https://www.ryukoku.ac.jp/nc/news/entry-10858.html
Jo, T., Sato, M., Minamoto, T., & Ushimaru, A. (Early view). Valuing the cultural services from blue space ecosystems in Japanese megacities during the COVID-19 pandemic. People and Nature. https://www.kobe-u.ac.jp/research_at_kobe/NEWS/news/2022_07_01_01.html
07/11 論文受理
環境DNA濃度と生物量の相関性を核およびミトコンドリアDNAマーカー間で比較した研究が、The Science of Nature誌に受理されました。ネガティブデータや今後の方向性など、色々ひっくるめました。何とか出版できて良かったです。
06/08 論文受理
異なる水温およびpH条件間で魚類環境DNAと環境RNAの分解速度を比較した研究が、Environmental DNA誌に受理されました。山中研究室に当時所属していた大学院生の修士論文の成果でもあります。環境DNAと同様、環境RNAの基礎研究にもこれから少しずつ着手していければと考えています。
04/20 論文受理
メタ解析により、河川における環境DNAの平均的な流下距離を推定・統合した研究が、Freshwater Biology誌に受理されました。環境DNAの移流拡散に係る初めての主著論文であり、龍谷大学に異動してから始めた研究で最初の成果です。
04/05 論文受理
コロナ禍の第一次緊急事態宣言下およびそれ以降で、日本の都市域の人々の海や川の利用形態を比較した研究が、People and Nature誌に受理されました。環境DNAとは全く関係ありませんが、裾野が拡がったように思います。貴重な機会を頂き感謝です。
04/01 新年度
新年度が始まりました。今年度から学振PDに採用されましたが、特に何も変わらず研究に没頭します。学振とは別に研究助成も頂きました、ありがたいです。論文も引き続き書きます。まだまだ大変なご時世ですが、色々がんばります。
02/09 令和３年度日本水産学会論文賞
以下の論文が、Fisheries Research誌における、令和３年度日本水産学会論文賞を受賞しました。
Tenma, H., Tsunekawa, K., Fujiyoshi, R., Takai, H., Hirose, M., Masai, N., Sumi, K., Takihana, Y., Yanagisawa, S., Tsuchida, K., Ohara, K., Jo, T., Takagi, M., Ota, A., Iwata, H., Yaoi, Y., & Minamoto, T. (2021). Spatio-temporal environmental DNA monitoring suggested the timing of Flavobacterium psychrophilum infection to ayu (Plecoglossus altivelis). Fisheries Science, 87(3), 321-330.
Link: https://doi.org/10.1007/s12562-021-01510-z
受賞に際してオープンアクセス公開されると思うので、誰でも閲覧できます。
01/05 Hello 2022
遅ればせながら、明けましておめでとうございます。今年はどんな一年になるのでしょうか、想像もつきません。
2021
12/14 紫陽会賞
神戸大学発達科学部 (現 国際人間科学部) の同窓会である紫陽会より、研究活動を頑張ったということで賞を頂きました。今後の励みにさせて頂きたいと思います。
11/20-21 環境DNA学会大会 @オンライン
自由集会「メタ解析・データシミュレーションのススメ」を企画しました。相変わらず尖った内容にしては、盛り上がったと思います。参加した皆さん、講演者のお三方、どうもありがとうございました。
09/12 論文受理
eDNA保存試薬であるBAC (塩化ベンザルコニウム) が、長鎖DNAや核DNAの分解抑制に加え、MiFishメタバーコーディングに基づく検出種数の減少も抑えられることを明らかにした研究が、Limnology and Oceanology: Methods誌に受理されました。自分で手を動かせたので、メタバーコーディングの良い勉強になりました。
09/07 論文受理
eDNAの性質および動態に関する知見を整理し、様々な種類のeDNAを利用した新たなeDNA技術の適用可能性について概説した総説論文が、Environmental DNA誌に受理されました。僕の博士論文の一部を基に作成されました。とはいえ、学部生の頃からずっと論文を読み漁ってきた経験無しでは到底書けなかったので、今までの6年間の研究活動の結晶のようなレビューになりました。
03/25 Saying Good-bye to Kobe
本日、3年間の博士後期課程を修了し、理学の学位を取得しました。支えてくれた全ての人に、感謝申し上げます。来月からは龍谷大学に所属を移し、引き続き環境DNA研究に従事します。
03/11 論文受理
eDNA分析を用いて、岐阜県内の河川におけるアユとそれに寄生する冷水病菌の季節的な分布モニタリングを行った研究が、Fisheries Science誌に受理されました。岐阜県立岐阜高等学校の自然科学部生物班などとの共同研究になります。PCR実験の補助や統計解析、図表のレイアウトなどを担当しました。研究にひたむきな高校生の姿を見ていると、より一層身が引き締まります。今後の進展に期待です。
03/10 環境DNAの教科書
一般的なeDNA技術の応用事例や今後の発展への展望など、「環境DNA学」の詳細な解説書が出版されました。環境DNA学会員により執筆され、私は第1章「環境DNA分析の概要」を分担執筆しました。買って読んで下さい。共立出版HP: https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320058163
02/10 論文受理
メタ解析により、eDNAの分解率がその分子学的・細胞学的な状態に依存する可能性を示した研究が、Molecular Ecology Resources誌に受理されました。博士論文のために改めて文献をまとめていく中で生まれた研究です。自粛期間にちゃんと籠もった甲斐がありました。
01/27 論文受理
マルチプレックスPCRを用いて、全国のダム湖で外来３魚種のeDNAモニタリングを行った研究が、Ecosphere誌に受理されました。研究室の後輩の卒業論文の成果でもあります。今年も論文執筆たくさんできるように、研究頑張ります。
01/01 Hello 2021
相変わらず大変な世の中ですが、その時の、その場所での自分にできることを、一つずつこなしていきたいと思います。
2020
11/14-16 環境DNA学会 & 個体群生態学会 @オンライン
(web上で) ポスター発表で参加しました。色んな人との質疑の記録を見ることができたので、質問の重複を避けて議論をより深めやすくなったんじゃないかと考えると、対面形式とはまた異なる利点を感じることができました。大会全体を通しても、とても満足度の高いものだったんじゃないかと思います。
08/31 論文受理
サンショウウオ属に特異的なユニバーサルプライマーを用いたヒダサンショウウオの季節的な環境DNAモニタリングに関する論文が、Endangered Species Research誌に受理されました。Figure 1の卵の写真が非常に美しいです。
07/28 特別講義 @姫路
兵庫県立姫路飾西高校で、理系クラスの生徒に向けて講義をさせて頂きました。環境DNA実験の代わりに、標識再捕獲法などの伝統的な個体数推定の方法について、簡単な講義とシミュレーションを行いました。自分の勉強にもなり、貴重な経験でした。
05/14 論文受理
異なるフィルター孔径サイズ間で、短鎖および長鎖ミトコンドリア環境DNAおよび短鎖核環境DNAの収量を比較した論文が、Science of the Total Environment誌に受理されました。予備的ではありますが、今後の発展が楽しみな結果です。
04/30 Top Downloaded Article
以下の論文が、Ecology and Evolution誌における2018-2019年の10% most downloaded papersに選出されました。
Jo, T., Murakami, H., Yamamoto, S., Masuda, R., & Minamoto, T. (2019). Effect of water temperature and fish biomass on environmental DNA shedding, degradation, and size distribution. Ecology & Evolution, 9(3), 1135-1146.
Link: https://doi.org/10.1002/ece3.4802
この研究は、僕の修士論文が基になっています。この時の水槽実験サンプルをrepurposeして用いることで、環境DNAの性質および動態に関する基礎的知見の理解が網羅的に進んだだけでなく、環境DNA技術の思わぬ可能性にも気づくことができました (詳しくはPublications)。改めて、この研究でお世話になった全ての人に感謝申し上げます。息詰まる世の中ですが、自分のやっていることが多少なりとも世のため人のためになっているのだなあと思いました。
01/01 Hello 2020
さあ、学生最後の年になりました。今年度は残り2つの学会大会に参加予定です。
3/4-8 日本生態学会大会@名城大
3/26-30 日本水産学会春季大会＠東京海洋大
2019
12/19 セミナー @東京大学
縁あって、東京大学でセミナーをさせて頂きました。嗚呼、完全に、準備不足。僕の稚拙な発表にも関わらず、クリティカルな質問をたくさん頂き、本当にありがとうございました。今年も残り2週間、最後まで走りきろう。
12/03-06 日本分子生物学会 @福岡
ポスター発表で参加しました。人が多すぎる。人に埋もれる。研究に埋もれる。
11/03-04 環境DNA学会大会 @神戸大
いろんな人たちと交流することができ、とても刺激をもらいました。あと、生まれて初めて、自由集会を僕が主体となって企画させて頂きました。大変、大変盛り上がりました。お越し下さった皆様、そしてスピーカーとして協力してくれたお三方、本当にありがとうございました。
10/29 宣伝
今週末の11/4 (月) 、第2回環境DNA学会神戸大会で、僕が企画者の自由集会「環境DNA分析における基礎研究の現状と展望」を行います。初めての単独企画の自由集会です。大学院生・ポスドクの有志4名で、国内での研究最前線と展望について語らいます。どうぞお越し下さい。http://ednasociety.org/2nd-meeting-kobe
10/15 論文受理
マアジのミトコンドリアおよび核に由来する環境DNAの分解率や放出率を比較した研究が、Environmental DNAに受理されました。これも去年の学部生の卒業論文の成果の一部を含んでいます。論文を書き始めた数年前と比べて、エディターや査読者とも一緒に論文を作り上げていく感覚が、確実に僕の中で増しつつあります。とても嬉しく心強いことだし、忘れないようにしたいです。
09/24-25 環境DNA合宿2019 & 論文受理
普段からお世話になっている舞鶴水産実験所と、今年は新たに山口大学の3チームで、交流を行いました。シミュレーションとか数理モデリングに改めて憧れました。あと、マルチプレックス-リアルタイムPCRを用いて、六甲山系における外来3魚種および在来3魚種のeDNAモニタリングを行った研究が、Biological Invasionsに受理されました。普段、保全生態学系の研究は自分には縁遠く、論文執筆を通して勉強になることがとても多くありました。
09/08-10 日本水産学会秋季大会 @福井
査読中の内容のポスター発表で参加しました。世の中には色んなことに興味を持つ人がいるんだなと、学会に行く度に再確認します。あと、福井の空気感は、何だか僕の肌にすごく合います。
07/23 論文受理
マアジのミトコンドリアおよび核に由来する環境DNAの粒子径サイズ分布を比較した研究が、Environmental Science & Technologyに受理されました。去年の学部4年生の卒業論文の成果の一部でもあります。生態学とは幾分毛並みの違うジャーナルですが、僕みたいな環境DNA技術の基礎的なところに興味関心がある人にとっては、むしろ方向性はマッチしているかもという印象です。
07/02 今後の予定
今年も残り半分となってしまいました。2019年後半は、幾つかの学会の大会に参加するようです。
9/8-11 日本水産学会秋季大会＠福井
11/3-4 環境DNA学会大会＠神戸
12/3-6 日本分子生物学会年会＠福岡
04/25 環境DNA調査・実験マニュアル
環境DNA分析における諸手法の標準化および普及を目的とした、「環境DNA調査・実験マニュアル」が公表されました。
各実験ステップレベルでの写真もあって、とても分かりやすいものとなっています。環境DNA分析に興味がある方はぜひ御覧ください。学会HPはコチラ http://ednasociety.org
03/20 PUBLICATIONSについて
受理された論文について、簡単なまとめを書くことにしました (日本語ですが)。他の論文も受理され次第、随時書いていきたいと思います。
03/15-19 ESJ66 @Kobe
英語口頭発表で参加しました。EPAは逃しました、残念。来週の水産学会は諦めました。環境DNAを適用した研究がどんどん増えている (特に学生！) 一方で、「環境DNAを適用した以外に、この研究は生態学的にどれほど面白いもんなんやろか、面白くしようと試みてるんやろか」と思ってしまうものも少なくないな、とここ数年特に強く思います。環境DNAの強みは「手軽にまあまあのデータを得られる」ことにあるわけですが、その先の「どうデータを解釈するか」ということについて、(自分も含め)まだまだ洗練されてないなと感じます。
どうしたらいいんでしょうね。
03/07-11 Aquaculture 2019 @New Orleans
口頭発表で参加しました。水産養殖系の学会でした。来週は生態学会です、神戸で良かった。
01/01 Hello 2019
明けましたね、本年もどうぞよろしくお願いします。直近だと、3月は学会3連発のようです(ニューオーリンズ→生態学会→水産学会？) 。頑張ろ。
2018
12/15-19 BES2018 @Birmingham
ポスター発表と、それに付随したライトニングトークで参加してきました。初の国外大会。研究のレベルは日本と海外で多く違わないどころか、日本の学生の方が仕事の丁寧さは上なんじゃないか。日本人の、特に学生の欧米への研究アピールにおいて、英語の不自由さ (もしくは自分の英語力を過小評価していること) はとても大きな障壁になっているということを改めて実感しました。イギリス飯、意外と美味かった。
11/22 論文受理
僕の修士課程での研究をベースにした論文がEcology & Evolutionに受理されました。水槽実験を通して、マアジ環境DNAの放出および分解が高水温・高バイオマス下で促進されること、そして環境DNAのサイズ分布が時間経過につれて小さいサイズ分画の方へシフトしうることなどを明らかにしました。これまでの知見を改めて支持する結果であると共に、これからの研究に向けての問題提起もたくさん生まれました。まだまだ書き続けないと。
09/29-30 第1回環境DNA学会大会 @東京
ポスター発表で参加してきました。最優秀賞ありがとうございます。環境DNAの基礎情報の必要性を再認識でき、とても有意義な時間でした。
09/02-03 環境DNA合宿2018
毎年、神戸大と龍谷大と舞鶴水産実験所 (京都大) を中心にやってます。学生や教員らとの交流と意見交換ができる貴重な機会です。学部生でも面白そうな研究がちらほらあって、刺激になりました。
05/03 ウェブサイト作りました
ウェブサイト作ってみました。よろしくお願いします。